Reparación Directa y Conflicto Armado Interno: la Constitucionalización de la Responsabilidad Extracontractual del Estado / Direct Reparation and Internal Armed Conflict: Constitutionalization of Tort Liability of the State / Reparação Direta e Conflito Armado Interno: a Constitucionalização da Responsabilidade Ilícita do Estado

Resumen Introducción: En materia de responsabilidad extracontractual del Estado, los procesos de reparación directa que se han derivado de hechos con ocasión al Conflicto Armado Interno, en adelante -CAI- han generado cambios en las categorías de protección que se han ido transformando especialmente desde que se reconoce la existencia del CAI. Objetivo: el principal objetivo de esta investigación está articulado a determinar cuáles son las condiciones que se han valorado por parte del Consejo de Estado para establecer la adecuación frente a los títulos de imputación y asimismo, las condiciones de interpretación de las categorías del daño antijurídico y la responsabilidad del Estado. Materiales y Métodos: El estudio fue delimitado a partir de la revisión documental de una elección aleatoria de sentencias del Consejo de Estado tomadas de forma no probabilística a través de las categorías de los títulos de imputación que se presentaron en una reconstrucción cronológica donde el eje referencia se contrastó en una dimensión analítica del reconocimiento del CAI. Resultados: el estudio evidenció cómo entre los diferentes títulos de imputación aplicables a hechos del CAI existen parámetros que evidencian una transición de omisión institucional que permitía un margen de la concepción del daño antijurídico en un sentido amplio, hacia un margen más limitado fundamentado en un desarrollo más riguroso del principio de legalidad. Conclusiones: La declaración del CAI tuvo una gran incidencia en la forma como se desarrolló la responsabilidad extracontractual del Estado, que al disponer de nuevas categorías de protección generó con ello más seguridad jurídica, pero, que a su vez limitó interpretaciones amplias del daño antijurídico.

Abstract Introduction: In matters of extracontractual liability of the State, the processes of direct reparation that have been derived from facts on the occasion of the CAI have generated changes in the categories of protection that have been transforming especially since the existence of the CAI is recognized. Objective: The main objective of this research is to determine which are the conditions that have been assessed by the Council of State to establish the adequacy of the title of imputation and the conditions of interpretation of the categories of antijuridical damage and the responsibility of the State. Materials and Methods: The study was delimited from the documentary review of a random selection of sentences of the Council of State taken in a non-probabilistic way through the categories of the titles of imputation that were presented in a chronological reconstruction where the reference axis was contrasted in an analytical dimension of the recognition of the CAI. Results: the study evidenced how among the different titles of imputation applicable to facts of the internal armed conflict there are parameters that evidence a transition from institutional omission that allowed a margin of the conception of the antijuridical damage wide towards a more limited margin based on a more rigorous development of the principle of legality. Conclusions: The declaration of the internal armed conflict had a great impact on the way tort liability was developed, which by providing new categories of protection generated more legal certainty but limited broad interpretations of tort.

Resumo Introdução: Em matéria de responsabilidade extracontratual do Estado, os processos de reparação direta que foram derivados de fatos por ocasião da CAI geraram mudanças nas categorias de proteção que têm se transformado especialmente desde que a existência da CAI foi reconhecida. Objetivo: O principal objetivo desta pesquisa é determinar as condições que foram avaliadas pelo Conselho de Estado para estabelecer a adequação do título de imputação e as condições de interpretação das categorias de danos antijurídicos e a responsabilidade do Estado. Materiais e Métodos: O estudo foi delimitado a partir da revisão documental de uma seleção aleatória de julgamentos do Conselho de Estado tomados de forma não-probabilística através das categorias dos títulos de imputação que foram apresentados em uma reconstrução cronológica onde o eixo de referência foi contrastado em uma dimensão analítica do reconhecimento do CAI. Resultados: o estudo evidenciou como entre os diferentes títulos de imputação aplicáveis aos fatos do conflito armado interno existem parâmetros que evidenciam uma transição da omissão institucional que permitiu uma margem ampla da concepção de dano anti-jurídico para uma margem mais limitada baseada em um desenvolvimento mais rigoroso do princípio da legalidade. Conclusões: A declaração do conflito armado interno teve um grande impacto na forma como a responsabilidade extracontratual foi desenvolvida, o que ao proporcionar novas categorias de proteção gerou maior segurança jurídica, mas limitou interpretações amplas dos danos não judiciais.

Valor predictivo de proteína C reactiva y albúmina en la expulsión de litos ureterales de 6-10 mm del tercio inferior / Predictive Value of C-reactive Protein and Albumin in the Expulsion of Ureteral Stones (6-10 mm) from the Lower Third

Introducción La litiasis ureteral es responsable del 20% de casos de urolitiasis, el cólico renal afecta negativamente la calidad de vida, el mayor dilema es el elegir entre medidas conservadoras y cirugía. La mayoría de los litos ureterales de tercio distal menor de 6mm, pueden pasar espontáneamente con terapia conservadora. Sin embargo, ella se asocia a incomodidad, infecciones y ausencia laboral. La proteína C Reactiva (PCR) se ha utilizado como predictor en la expulsión de esos litos, además se introduce el uso de la albúmina como nuevo marcador de predicción. Objetivo El objetivo es analizar el valor predictivo de PCR y albúmina para la expulsión de litos ureterales de tercio inferior de 6­10 mm. Métodos Se realizó un estudio prospectivo en pacientes que presentaron cólico renal secundario a litiasis ureteral distal 6­10 Mm, los cuales recibieron tratamiento médico expulsivo durante 4 semanas, hasta la expulsión del lito o la necesidad de tratamiento quirúrgico en que se determinó punto de corte de PCR y albúmina por medio de una curva COR. Resultados 78 pacientes se enrolaron en el estudio, el paso espontáneo fue de 55,1% y el restante requirió de intervención quirúrgica, el punto de corte para PCR fue 5,95 mg/L y de 2,75 g/dl para albúmina. Conclusión El PCR es un parámetro predictivo en la expulsión de litos ureterales de tercio inferior en pacientes muy seleccionados. Se obtiene el siguiente punto de corte para predecir la eliminación del lito (5,95 mg/L) y se propone la albúmina como un nuevo parámetro bioquímico.

Introduction Ureteral stones is responsible for 20% of cases of urolithiasis, renal colic negatively affects quality of life, the main dilemma is choosing between conservative measures and surgery. Most ureteral stones of the distal third smaller than 6 mm can pass spontaneously with conservative therapy. However, this is associated with discomfort, infections. C Reactive protein (CRP) has been used as a predictor in the expulsion of these stones, and the use of albumin as a new marker of prediction is also introduced. Objective The objective is to analyze the predictive value of CRP and albumin for the expulsion of ureteral stones of the lower third of 6­10 mm Methods A prospective study was performed in patients who presented renal colic secondary to distal ureteral lithiasis 6­10 mm and who received medical expulsive treatment for 4 weeks, until the expulsion of the stone or the need for surgical treatment, PCR cut off point was determined and albumin by means of a ROC curve. Results 78 patients enrolled in the study, spontaneous passage was 55.1% and the remaining required surgical intervention, the cut-off point for PCR was 5.95 mg/L and 2.75 g/dl for albumin. Conclusion CRP is a predictive parameter in the expulsion of lower third ureteral stones in highly selected patients. The following cut off point is obtained to predict the elimination of lithium (5.95 mg/L) and albumin is proposed as a new biochemical parameter.

Evaluación y manejo del riesgo cardiovascular en infección por VIH. Consenso de expertos ACIN / Evaluation and management of cardiovascualr risk in VIH infection: Expert consensus of ACIN (Colombian Association of Infectious Diseases)

Los pacientes con infección por VIH tienen una mayor incidencia de eventos cardiovasculares en comparación con la población general; los factores que contribuyen al incremento del riesgo de eventos cardiovasculares son la prevalencia de factores de riesgo cardiovascular tradicionales (FRCV), la infección por VIH que condiciona tanto un proceso de inflamación crónica como alteración de la función endotelial y la exposición a los antirretrovirales. Los factores que deben ser objeto de intervención son los FRCV tradicionales, en especial la alta tasa de fumadores entre este grupo de pacientes, la tamización y tratamiento de HTA, el síndrome metabólico y el acceso temprano a la terapia antirretroviral con medicamentos con mayor perfil de seguridad . Esta guía pretende proveer información y recomendaciones en el ámbito nacional acerca de la relación entre la infección por VIH/SIDA (Síndrome de Inmunodeficiencia Adquirida), uso de antirretrovirales y riesgo cardiovascular.

Patients with VIH infection have greater risk for cardiovascular diseases compared to general population. Risk factors that increase the frequency of cardiovascular events are: presence of cardiovascular traditional risk factors, chronic inflammation by HIV that impairs endothelial function and the exposure to antiretrovirals. The factors that should be the target for intervention are the traditional know cardiovascular factors such, especially high rate of smokers, screening and treatment for hypertension, metabolic syndrome and early access to HAART. The present guidelines provides information about the use of antiretrovirals in patients with HIV and its relation with cardiovascular risk.

Análisis de letalidad en pacientes con diagnóstico de tuberculosis en un centro de alta complejidad en Cali, Colombia / Lethality analysis in patients with tuberculosis diagnosis in a high complexity hospital in Cali, Colombia

Resumen Introducción: En el 2016 la tuberculosis (TBC) fue considerada la novena causa de muerte en el mundo y la primera por un único agente infeccioso, con aproximadamente 1,6 millones de muertes y una letalidad de 15%. Más de 95% de los casos de mortalidad mundial se presentan en países en vía de desarrollo como Colombia. Objetivo: Describir las características sociodemográficas y clínicas de los pacientes que fallecieron durante el tratamiento antituberculoso en un centro de alta complejidad en Cali, Colombia. Métodos: Estudio analítico de cohorte retrospectiva, realizado entre 2007-2016 en la Fundación Valle del Lili. Se incluyeron pacientes con diagnóstico de TBC con seguimiento clínico, que fallecirron por cualquier causa. Resultados: De 787 pacientes diagnosticados con TBC, murieron 69 (8,8%). La mayoría de los fallecidos (59%) fueron hombres, edad promedio de 51,9 años. Hubo retraso diagnóstico en 51% de los pacientes y 75% presentaron TBC pulmonar. El 64% murió en los primeros 30 días posteriores al diagnóstico de TBC y 61% de las muertes fueron atribuibles a TBC. Co-infección TBC e infección por VIH se presentó en 23% de los casos. La edad avanzada (> 65 años) se asoció a muerte en menos de 30 días desde el diagnóstico de TBC (p < 0,001). Discusión: La letalidad encontrada es superior a lo esperado (8,8%); la mayoría de los pacientes fallecidos presentó co-morbilidades graves. La edad avanzada se asoció a muerte temprana. El principal mecanismo fisiopatológico de muerte por TBC en este estudio fue el choque séptico secundario a neumonía grave tuberculosa.

Background In 2016 tuberculosis (TB) was considered the ninth leading cause of death worldwide and the leading cause of a single infectious agent, with approximately 1.6 million deaths worldwide and a lethality of 15%. Over 95% of cases and deaths are in developing countries like Colombia. Aim: To describe the sociodemographic and clinical characteristics of patients who died during TB treatment in a high complexity hospital in Cali, Colombia. Methods: We conducted an analytic retrospective cohort during 2007-2016 in Fundación Valle del Lili. We included patients with TB diagnosis, who died during TB treatment. Results: From 787 patients with TB, 69 died (8.8%). Fifty nine percent were male, the average of age was 51.9 years. There was diagnosis delay in 51% of the patients and 74% presented pulmonary TB. Sixty four percent 64 died in the first 30 days of the TB diagnosis and 61% of the deaths were attributable to TB. Twenty five percent of patients had TB/HIV coinfection. Elderly patients (> 65 years old) were associated with death in the first 30 days of TB diagnosis (p < 0,001). Discussion: The lethality found in this study was higher than expected (8.8%), the majority of patients had serious comorbidities. Elderly patients were associated with early death. The main pathophysiological mechanism of death was septic shock caused by severe tuberculous pneumonia.

HPV detection in floor of mouth squamous cell carcinoma by PCR amplification / Detecção do HPV em carcinoma espinocelular de assoalho de boca por amplificação da PCR

ABSTRACT Introduction: Studies conducted during the last years, using new technologies for viral detection, permit to consider human papillomavirus (HPV) an etiologic factor for cervical cancer. Besides the relation to genital regions, other anatomic sites have been associated with HPV, including head and neck regions. Objectives: To investigate the prevalence of HPV infection in 35 samples from paraffin-embedded tissues using polymerase chain reaction (PCR)-deoxyribonucleic acid (DNA) amplification, and correlate it with demographic, clinical, and morphological factors and prognosis. Materials and methods: All samples were first amplified with human β-globin gene primers. Samples with positive amplification were subjected to HPV-DNA detection with general GP5 and GP6 primers. Results Only 30 samples were amplified for the β-globin gene. No floor of mouth squamous cell carcinoma cases showed amplification of HPV DNA. Discussion: The absence of HPV-DNA amplification does not suggest that this virus is absent from the process of oral carcinogenesis, since the selected sample is not in the risk group for the development of oral cancer associated with HPV infection. Conclusions: No correlation was found between HPV infection and floor of mouth carcinogenesis, however further studies are necessary.

RESUMO Introdução: Estudos realizados durante os últimos anos permitem considerar a infecção pelopapilomavírus humano (HPV) um fator etiológico para o câncer cervical. Apesar da íntima relação desse vírus com as regiões genitais, outras localizações anatômicas têm sido associadas a tal infecção, inclusive as regiões de cabeça e pescoço. Objetivos: Investigar a prevalência da infecção pelo HPV em 35 amostras parafinadas de carcinoma espinocelular de assoalho de boca, utilizando a amplificação da reação em cadeia dapolimerase (PCR) como método de detecção do ácido desoxirribonucleico (DNA) viral, bem como correlacionar aspectos demográficos, clínicos e morfológicos com o prognóstico da doença. Materiais e métodos: Todas as amostras foram inicialmente amplificadas com o primerpara detecção do gene da β-globina humana. As que tiveram amplificação positiva para o gene da β-globina foram então submetidas à detecção do DNA viral com os primers GP5 e GP6. Resultados: Apenas 30 amostras foram amplificadas para o gene β-globin. Nenhuma das amostras de carcinoma de assoalho de boca demonstrou resultado positivo para amplificação do DNA viral. Discussão: Apesar de a influência do vírus na carcinogênese oral não ter sido comprovada devido à ausência de DNA viral nas amostras, a relação não pode ser descartada, uma vez que as amostras selecionadas não se encontravam em grupo de risco para o desenvolvimento de carcinoma espinocelular de boca associado à infecção pelo HPV. Conclusão: Não foi detectada relação entre a infecção pelo HPV e o carcinoma de assoalho de boca, no entanto mais estudos são necessários sobre o tema.

Transcodificación numérica y comprensión del valor de posición: una débil relación teórica y empír / The Numerical transcoding process and The Understanding of place value: A weak empirical and theoretical relationship

Esta investigación explora la relación entre la comprensión del valor de posición y el proceso de transcodificación numérica del formato verbal hablado al formato arábigo. Participaron 22 niños del grado primero de primaria de un colegio privado de Cali. Se presentó una tarea de dictado de numerales y tres tareas de comprensión del valor de posición. Se realizó un análisis del logro en función del acierto y el error y un análisis correlacional entre las tareas de valor de posición y la tarea de transcodificación numérica. Adicionalmente, se realizó un análisis de redes de vínculos. Se encontraron diferencias en el desempeño de los niños entre la tarea de dictado y las tareas de comprensión del valor de posición, señalando que no es necesaria la comprensión del valor de posición para la escritura de numerales a partir del dictado.

This research explores the relationship between the understanding of place value and the numeral transcoding process from verbal speech to Arabic format. The study involved 22 first grade children at a private school in downtown Cali, who performed one numeral dictation task and three understanding place value tasks. We performed an achievement analysis of tasks and a correlational analysis that values the relationship between the tasks of understanding place value and number transcoding. Additionally, we performed an analysis of the network of links. The performance of the children at completing tasks of dictation, and their performance at completing the tasks of understanding positive value yielded results that differed significantly from each other. It was found that the success in the number transcoding process did not necessarily reflect an equally successful outcome of the tasks of understanding place value.

Contenido de ácidos grasos en carne de bovinos cebados en diferentes sistemas de producción en el trópico colombiano / Fatty acids in meat from cattle fattened in different production systems in the colombian tropics

Antecedentes: La carne es un alimento altamente nutritivo y un componente principal de la canasta básica familiar. Los consumidores seleccionan alimentos no solo por su gusto y satisfacción, sino por sus efectos en la nutrición y en la salud humana. Además se conoce muy poco sobre la calidad de carne producida en los sistemas colombianos y su contenido de ácidos grasos. Objetivo: Determinar el contenido y la composición de ácidos grasos en carne de bovinos cebados en distintos sistemas de producción colombianos. Métodos: Se obtuvieron lomos (Longissimus dorsi) de bovinos Cebú provenientes de cuatro sistemas de producción del trópico colombiano: Dos arreglos silvopastoriles (Centro Experimental Cotové, Universidad Nacional de Colombia y Montenegro, Quindío), una pradera mejorada (Montenegro, Quindío) y un sistema de pastoreo tradicional (Montería, Córdoba). Se extrajo grasa de 64 muestras de carne (dos por lomo) en el laboratorio de Química Analítica de la Universidad Nacional de Colombia, en la que se realizó un análisis cuantitativo de ácidos grasos por cromatografía de gases en el laboratorio de Análisis Instrumental de la Universidad Nacional de Colombia, sede Medellín. Los resultados se evaluaron siguiendo un diseño completamente al azar y la separación de medias se realizó por Duncan. Resultados: Hubo diferencias significativas en el contenido de ácido mirístico y palmítico entre el sistema tradicional y la pastura mejorada, siendo ambos mayores en el sistema tradicional. Hubo diferencias significativas en el contenido de ácidos insaturados, siendo el sistema silvopastoril del Quindío y la pradera mejorada, los de mayor relación de ácidos grasos polisaturados: insaturados (0,19). En la relación linoleico: α-linolénico no hubo diferencias entre los sistemas. Conclusión: La composición y el contenido de ácidos grasos variaron en la carne de los sistemas evaluados. Los principales componentes de la grasa fueron el ácido palmítico y el ácido oleico (30,73 y 35, 62 g/100 g de ácidos grasos)

Background: Meat is a highly nutritious food and a major component of the basic food basket. Consumers select foods not only for taste and satisfaction, but also for their effects on human nutrition and health. In addition there is very little knowledge about the quality of meat produced in the Colombian systems and their fatty acid content which undoubtedly affect human health. Objetive: To determine the content and composition of fatty acids in meat from steers managed in different Colombian systems. Methods: Meat (Longissimus dorsi) samples were obtained from Zebu cattle from four production systems inthe Colombian tropics: Two silvopastoral arrangements (Cotové Research Center, National University of Colombia and Montenegro, Quindío), improved pastures (Montenegro, Quindío) and a traditional grazing system (Monteria, Cordoba). Fat was extracted from 64 meat samples in the laboratory of Analytical Chemistry of the National University of Colombia, and a quantitative analysis of fatty acids was performed by gas chromatography in the laboratory of Instrumental Analysis of the National University of Colombia in Medellin. The results were evaluated following a complete randomized design and means were separated by the Duncan test. Results: There were significant differences in the content of myristic and palmitic acids between meat from the traditional and improved pasture system, with both acids being higher in the traditional system. There were also differences in the content of linoleic and linolenic acid, being lower in the Cotové silvopastoral system. There were significant differences in the content of unsaturated acids, with the meat from silvopastoral system Quindío and the improved pastures showing the highest fatty acid saturated: polyunsaturated ratio (0.19). In the linoleic: α-linolenic ratio there were no differences. Conclusions: Although the composition and the fatty acid content in beef varied between systems evaluated, the main components of such systems fat were palmitic acid and oleic acid (30.73 and 35.62 g/100 g fatty acid).

Avaliação da diluição do DNA extraído de material parafinado para amplificação em PCR / Evaluation of DNA dilution extracted of paraffin-embedded material for PCR amplification

Introdução: Alguns fatores, como a presença de substâncias inibidoras e degradação do DNA, podem contribuir para a falha na detecção de genes, através da reação em cadeia da polimerase (PCR), a partir de DNA extraído de material parafinado. A diluição do DNA frequentemente pode reduzir o número de inibidores e contaminantes e ainda assim conter DNA suficiente para a amplificação em PCR. Objetivo: Avaliar a influência da diluição de soluções de DNA extraído de material parafinado na amplificação por PCR do gene ß-globina humana. Material e método: Foram utilizados 30 blocos parafinados de carcinomas epidermoides de orofaringe referentes a pacientes diagnosticados e tratados no Centro de Oncologia Bucal da FOA-UNESP. A extração do DNA foi realizada com o sistema QIAamp DNA minikit (Quiagen). O DNA obtido foi quantificado e avaliado quanto à pureza por espectrofotometria. Dois grupos foram formados com diferentes quantidades de DNA, sendo que o Grupo I foi constituído pelo DNA originalmente extraído e o Grupo II com o mesmo DNA , porém diluído com adição de água ultrapura.

Foi realizada a PCR utilizando-se oligonucleotídeos iniciadores para ß-globina. Resultados: No grupo I, 33,33% das amostras foram positivas para o gene ß-globina, enquanto no Grupo II, 23,33% foram positivas. Conclusão: Neste estudo, a diluição do DNA extraído de material parafinado não alterou estatisticamente a quantidade de amostras positivas por PCR para o gene ß-globina, embora os resultados obtidos sugiram que esta seja uma das formas de aumentar a eficácia do método de amplificação por PCR

Human papillomavirus (HPV) detection in lip squamous cell carcinoma: correlation with clinical aspects and risk factors / Detecção do papilomavírus humano (HPV) em carcinoma espinocelular de lábio: correlação com aspectos clínicos e fatores de risco

O papilomavírus humano (HPV) está associado a um largo espectro de lesões em humanos e tem sido ligado à carcinogênese oral. O objetivo deste estudo foi investigar a presença do DNA do HPV em pacientes com carcinoma espinocelular de lábio e correlacioná-la com aspectos clínicos e fatores de risco. Foram estudados 33 pacientes com carcinoma espinocelular de lábio. Destes, 30 pacientes foram positivos para o gene da beta-globina humana e então foram testados para o DNA do HPV com uso da reação em cadeia de polimerase em duas etapas (PCR e nPCR) com os oligonucleotídeos iniciadores MY11/MY09 e GP5+/ GP6+. O DNA do HPV foi detectado em 43,33 por cento dos 30 pacientes analisados. Não houve associação com os fatores de risco analisados.

Human papillomavirus (HPV) is associated with a wide spectrum of lesions in humans, and it has been linked to oral carcinogenesis. The aim of this study was to investigate the presence of HPV DNA in patients with lip squamous cell carcinoma and to correlate it with clinical characteristics and risk factors. We studied 33 patients with lip squamous cell carcinomas. Of these, 30 were positive for human beta globin gene and tested for HPV DNA, using polymerase chain reaction in two steps (PCR and nPCR) with MY11/MY09 and GP5+/GP6+ primers. HPV DNA was detected in 43.33% of patients analyzed. There was no association with the risk factors analyzed.

Socialização parental: adaptação ao Brasil da escala ESPA29 / Parental socialization: Brazilian adaptation of the ESPA29 Scale

O objetivo deste estudo foi analisar as propriedades psicométricas da versão em português brasileiro da escala de socialização parental ESPA29 (Musitu & García, 2001). Esta escala permite medir os estilos de socialização parental - autoritativo, autoritário, indulgente e negligente - através de duas dimensões independentes da conduta parental, extraídas do uso que os pais fazem das distintas práticas de socialização. Utilizando uma amostra de 2105 adolescentes brasileiros, com idades entre os 10 e os 18 anos, replicou-se a estrutura de dois fatores - Aceitação/Implicação e Severidade/Imposição - que compõem a escala, mediante a análise fatorial exploratória. Para completar o estudo de replicabilidade, levou-se a cabo a análise da estrutura ortogonal de Procusto, comprovando-se que a estrutura era invariante para o pai e para a mãe.

The objective of this study was to analyze the psychometric properties of the Brazilian version of the ESPA29 Parental Socialization Scale (Musitu & García, 2001). This scale allows measuring parental styles - authoritative, authoritarian, indulgent, and negligent - by means of two independent dimensions of parental conduct extracted from parents' use of different socialization practices. Using a sample of 2.105 Brazilian adolescents from 10 to 18 years old, the structure of two factors that define the scale - Acceptance/Implication and Strictness/Imposition - has been replicated using an exploratory factorial analysis. In order to complete a proper replication of the ESPA29 scale structure, the analysis of the orthogonal structure of Procrustes was carried out proving that the structure was invariant for the father as well as for the mother.

Comparação entre dois métodos de detecção de DNA de papilomavírus humano em carcinoma epidermoide de lábio / Comparison between two methods for human papilomavírus DNA detection in lip squamous cell carcinoma

Introdução: Recentemente o papilomavírus humano (HPV) tem sido associado à carcinogênese oral. A metodologia empregada na detecção do vírus é uma das maiores causas observadas da grande variabilidade nas taxas de detecção do HPV. Objetivo: Este estudo comparou a sensibilidade de detecção do DNA do HPV em casos de carcinoma epidermoide de lábio utilizando a amplificação do DNA viral por reação em cadeia da polimerase (PCR) ou nPCR. Material e método: Foram utilizadas 33 amostras provenientes de casos de carcinoma epidermoide de lábio. Para as extrações do DNA utilizou-se o sistema QIAamp DNA Mini Kit. Como controle interno utilizou-se o gene da b-globina. Das 33 amostras iniciais, 30 foram positivas para o gene b-globina, sendo utilizadas para detectar o DNA viral. Comparou-se a amplificação do DNA viral pelos métodos da PCR com os oligonucleotídeos MY09/MY11 e nPCR, empregando-se os pares de oligonucleotídeos iniciadores MY09/MY11 e, na segunda etapa, o par GP5+/GP6+. O controle positivo para a presença do DNA do HPV utilizado foi a linhagem de células HeLa e, como controle negativo, a mistura de amplificação sem DNA. A análise dos produtos de PCR e nPCR para HPV foi realizada por eletroforese em gel de poliacrilamida a 8 por cento. Resultados: Utilizando-se o método da PCR, a amplificação do DNA do HPV foi constatada em dois casos. Com a nPCR foi verificada presença de DNA viral em 13 das 30 amostras. Conclusão: Com a utilização da nPCR, a detecção do HPV nos casos estudados aumentou mais de seis vezes.

Introduction: Human papillomavirus (HPV) has been currently associated with oral carcinogesis. The methodology applied in virus detection is one of the main reasons for the great variability observed in HPV detection. Objectives: This study compared HPV DNA detection efficiency in lip squamous cell carcinoma samples (SCC) using viral DNA amplification by PCR or nPCR. Methods: Thirty three samples of lip squamous cell carcinoma were selected. DNA extractions were performed with QIAamp DNA minikit. The internal control was b-globin gene. Thirty out of 33 initial samples were positive for b-globin gene, which were employed to detect viral DNA. The amplification of viral DNA was compared by PCR method through MY09/MY11 oligonucleotides and nPCR through MY09/MY11 oligonucleotides in the first stage and GP5+/GP6+ in the second stage. HeLa cells were used as positive control for HPV DNA presence and the amplification mixture without DNA as negative control. The analysis of PCR and nPCR products for HPV DNA was performed through gel electrophoresis in polyacrylamide at 8 percent. Results: HPV DNA amplification was verified in two cases by the use of PCR method. HPV DNA presence was verified in 13 out of 30 samples by the use of nPCR. Conclusion: HPV DNA detection of lip SCC increased sixfold in the studied cases with the employment of nPCR.

Avaliação de dois métodos de extração de DNA de material parafinado para amplificação em PCR / Evaluation of two methods of DNA extraction from paraffin-embedded material for PCR amplification

INTRODUÇÃO: Diversos métodos para extração de DNA a partir de tecidos biológicos inclusos em parafina encontram-se descritos na literatura, sendo o sucesso desse procedimento de grande importância para a realização de métodos moleculares de diagnóstico empregando a reação em cadeia da polimerase (PCR). OBJETIVO: Este estudo avaliou dois métodos de extração de DNA de material parafinado, visando à amplificação do DNA genômico pela técnica da PCR. MATERIAL E MÉTODO: Foram utilizadas 35 amostras de casos de carcinoma epidermóide de assoalho bucal diagnosticados e tratados no Centro de Oncologia Bucal da Universidade Estadual Paulista (Unesp). Os métodos de extração de DNA avaliados incluíram: 1. digestão com proteinase K seguida por purificação com Chelex 100® (BioRad); e 2. sistema QIAamp DNA minikit® (Qiagen). O DNA obtido foi quantificado por espectrofotometria e amplificado pela técnica da PCR, utilizando-se oligonucleotídeos iniciadores para betaglobina. RESULTADOS: A concentração de DNA obtido do material extraído com o primeiro método apresentou média de 120,62 ng/µl com razão entre as leituras das absorbâncias 260/280 variando de 0,8 a 1,41. Para as amostras extraídas com o segundo procedimento, o rendimento médio foi de 67,38 ng/µl, no entanto a razão 260/280 variou entre 1,11 e 2,53. O material foi submetido à PCR e, das 35 amostras extraídas com cada método, respectivamente, 29 e 30 apresentaram sinal positivo. CONCLUSÃO: Os dois métodos utilizados para obtenção de DNA de material parafinado apresentaram desempenho semelhante, revelando que ambos têm potencial para auxiliar na prática da biologia molecular diagnóstica, assim como no estudo diagnóstico retrospectivo em material parafinizado.

BACKGROUND: There are several methods for DNA extraction from formalin-fixed paraffin-embedded tissues reported in the literature. High success rate on this procedure is important for the use of molecular diagnostic methods based on the polymerase chain reaction (PCR). OBJECTIVE: Two methods of DNA extraction from paraffin-embedded samples were tested aiming at PCR amplification of genomic DNA. MATERIAL AND METHOD: Thirty-five samples were obtained from patients with squamous cell carcinoma of mouth floor treated at the Oral Oncology Center in Universidade Estadual Paulista. The DNA extraction methods included: 1. proteinase K digestion followed by Chelex 100® (BioRad) purification and 2. QIAamp DNA minikit® system (Qiagen). Purified DNA was quantified by spectrophometry and a beta-globin gene fragment was amplified using PCR. RESULTS: The DNA concentration from samples applied to the first method presented an average of 120.62 ng/µl and absorbance ratio 260/280 varying between 0.8 and 1.41. From the samples extracted using the second procedure, the mean DNA concentration was 67.38 ng/µl, with absorbance ratio varying between 1.11 and 2.53. DNA samples were submitted to PCR and from 35 samples extracted with both methods, respectively, 29 and 30 were successfully amplified for the beta-globin gene. CONCLUSION: Both methods used to obtain genomic DNA from formalin-fixed paraffin-embedded tissues presented similar performance, revealing their potential to be included in diagnosis of molecular biology, as well as in retrospective studies using archived paraffin-embedded samples.

Fecal specimens preparation methods for PCR diagnosis of human taeniosis

Com o intuito de utilizar a Reação em Cadeia pela Polimerase (PCR) como método de diagnóstico diferencial da teníase humana, avaliaram-se alguns protocolos de preparação e extração de DNA de ovos de Taenia saginata presentes em amostras de fezes de paciente naturalmente infectado. O DNA obtido após extração com fenol/clorofórmio/álcool isoamílico ou DNAzol® teve que ser purificado antes da PCR para que fosse possível a amplificação dos fragmentos de 170 pb e 600 pb desejados. Com o kit QIAmp DNA stool mini kit® tal purificação não foi necessária. Os melhores resultados foram observados após o tratamento prévio das amostras com pérolas de vidro, tanto quando da utilização de fenol/clorofórmio/álcool isoamílico, quando de DNAzol® ou QIAmp DNA stool mini kit®.

Detecção de Leptospira pomona em sêmen bovino por eletroforese capilar fluorescente / Detection of Leptospira pomona in bovine semen by fluorescent capillary eletrophoresis

Este estudo pretendeu avaliar o limiar de detecção da técnica de PCR aliada à eletroforese capilar para diagnóstico da Leptospira pomona em sêmen bovino. Doses inseminantes livres de patógenos foram contaminadas experimentalmente com Leptospira pomona em escalas que variavam de 10(elevado a 0) a 10(elevado a 7) bactérias/ml e submetidas à extração de DNA pelo método de fenol/clorofórmio. Após a reação de PCR, a visualização dos fragmentos foi realizada em três tipos de eletroforese: agarose 2% sob luz UV, acrilamida 8% corado com prata e eletroforese capilar fluorescente. A detecção de DNA de Leptospira pomona em sêmen bovino através de eletroforese capilar fluorescente foi possível a partir de concentração de 10(elevado a 2 )bactérias/ml. Nos métodos de eletroforese em agarose 2%, observou-se limite de detecção de 10(elevado a 4 )bactérias/ml e em gel de poliacrilamida 8% o limite de detecção foi de 10(elevado a 2 )bactérias/ml. A eletroforese capilar demonstrou ser uma alternativa eficaz e rápida na detecção de DNA de Leptospira em sêmen bovino podendo ser uma valiosa ferramenta para controle de qualidade do sêmen produzido em centrais de inseminação artificial dada a facilidade de automação desse processo.

This study was performed in order to evaluate the detection limit of PCR with fluorescent capillary electrophoresis for Leptospira pomonadiagnosis in bovine semen. Negative bovine semen samples were artificially contaminated with Leptospira pomona 10(involution 0) to 10(involution 7 ) bacteria/ml) and DNA was extracted by phenol/chloroform protocol. DNA fragments visualization was done by three electrophoresis methods: under UV light in 2 % agarose gel, silver staining 8% polyacrylamide gel and fluorescent capillary electrophoresis. The detection limit of capillary electrophoresis for Leptospira pomona was 10(involution 2) bacteria/ml. Under UV light, in 2 % agarose gel, the detection limit was of 10(involution 4) bacteria/ml while for silver stained 8 % polyacrylamide gel it was 10(involution 2) bacteria/ml. PCR with fluorescent capillary electrophoresis is an efficient andrapid diagnostic test for DNA detection of Leptospira in bovine semen and this can be an important tool for herd and semen sanitary controlin artificial insemination centers.

Genetic variability of Herpailurus yagouaroundi, Puma concolor and Panthera onca (Mammalia, Felidae) studied using Felis catus microsatellites

We used four microsatellite loci (Fca08, Fca45, Fca77 and Fca96) from the domestic cat, Felis catus, to investigate genetic variability in specimens of Herpailurus yagouaroundi (jaguarundi, otter cat, eyra), Puma concolor (cougar, mountain lion, puma) and Panthera onca (jaguar) held in various Brazilian zoos. Samples of DNA from the cats were PCR amplified and then sequenced before being analyzed using the CERVUS program. Our results show a mean polymorphic information content (PIC) of 0.83 for H. yagouaroundi, 0.66 for P. concolor and 0.69 for P. onca and a mean of 10.3 alleles for the Fca08 locus, 5.3 for Fca 45, 9 for Fca 77 and 14 for Fca 96. These results indicate a relatively high level of genetic diversity for the specimens studied.

Satellyptus: analysis and database of microsatellites from ESTs of Eucalyptus

The main goal of our research was to search for SSRs in the Eucalyptus EST FORESTs database (using a software for mining SSR-motifs). With this objective, we created a database for cataloging Eucalyptus EST-derived SSRs, and developed a bioinformatics tool, named Satellyptus, for finding and analyzing microsatellites in the Eucalyptus EST database. The search for microsatellites in the FORESTs database containing 71,115 Eucalyptus EST sequences (52.09 Mb) revealed 20,530 SSRs in 15,621 ESTs. The SSR abundance detected on the Eucalyptus ESTs database (29% or one microsatellite every four sequences) is considered very high for plants. Amongst the categories of SSR motifs, the dimeric (37%) and trimeric ones (33%) predominated. The AG/CT motif was the most frequent (35.15%) followed by the trimeric CCG/CGG (12.81%). From a random sample of 1,217 sequences, 343 microsatellites in 265 SSR-containing sequences were identified. Approximately 48% of these ESTs containing microsatellites were homologous to proteins with known biological function. Most of the microsatellites detected in Eucalyptus ESTs were positioned at either the 5 or 3 end. Our next priority involves the design of flanking primers for codominant SSR loci, which could lead to the development of a set of microsatellite-based markers suitable for marker-assisted Eucalyptus breeding programs

Expressäo relativa de fator semelhante a insulina (IGFI) e receptor do homômonio folículo estimulante (FSHR) em folículos e tecido ovariano de Bos primigenius (Nelore) / Relative expression of insulin like growth factor I (IGFI) and follicle stimulating hormone receptor (FSHR) in follicles and ovarian tissue from Bos primigenius indicus (Nelore)

O aperfeiçoamento das técnicas que objetivam a exploraçäo do potencial reprodutivo das fêmeas requer a compreensäo mais ampla dos mecanismos de controle de desenvolvimento folicular. Uma alternativa de estudo nesta esfera, é a quantificaçäo da expressäo relativa de genes envolvidos nos processos de recrutamento, seleçäo e desenvolvimento folicular, pelo emprego da técnica de transcriçäo - reversa associado a reaçäo em cadeia pela polimerase (RT - PCR). O presente trabalho objetivou quantificar a expressäo relativa dos genes insulin-like growth factor I (IGF-I) e do receptor do hormônio folículo estimulante (FSHR), tendo como controle interno o gene da gliceraldeído 3-fosfato desidrogenase (GAPDH). Foram utilizados ovários bovinos de animais de matadouro em diferentes fases do ciclo estral. O RNA total dos folículos e tecido ovarianos foi purificado por TRIZOL. As reaçöes de RT-PCR foram realizadas com o "kit" SuperScriptTM First-Strand. Os produtos de PCR foram analisados em gel de agarose e as bandas submetidas à análise densitométrica. Todos os genes foram amplificados observando-se a curva exponencial de amplificaçäo, a validaçäo do método foi realizada através de análise de regressäo, sendo estabelecido o coeficiente de amplificaçäo (E). A expressäo relativa de mRNA para cada gene de interesse foi calculada pela fórmula estabelecida por Prelle et al.12. Em todos os tecidos analisados, todos os genes foram expressos, sobressaltando-se diferenças nos diferentes ciclos estudados. Com relaçäo os dados referentes ao coeficiente de amplificaçäo (E), observou-se tanto para gene controle (GAPDH), como para o gene IGF-I concordância nos valores encontrados para as diferentes classes analisadas. Quanto ao gene IGF-I, a interpretaçäo dos achados para a expressäo relativa de mRNA pode está relacionada ao caráter constitutivo dessa proteína ou devido os transcritos näo serem dependentes dos níveis de FSH. Observou-se diferenças na expressäo relativa de mRNA de FSHR entre as classes de tecidos analisados, o que pode ser explicado pela variaçäo do número de receptores nas células da granulosa nas diferentes fases do ciclo estral. Pode-se perceber a partir desse estudo que a técnica de RT-PCR semi quantitativo é de grande importância biotecnológica, possibilitando auxílio na compreensäo da dinâmica folicular. Entretanto esses estudos devem ser ampliados com outros genes para melhor compreensäo das etapas fisiológicas envolvidas na foliculogênese

Effects of cryoprotectant and plunging temperature in liquid nitrogen on the in vitro and in vivo development of murine morulae

The effects of plunging temperature in liquid nitrogen and cryoprotectant dilution methods were evaluated for compacted mouse morulae frozen in 1.5 M ethylene-glycol (E), 1.5M propylene-glycol (P) or 1.4M glycerol (G). Morulae were equilibrated for 10 minutes in cryoprotectant solution and loaded into 0.25 ml straws with cryoprotectant solution in 3 columns (groups E1, P1, G1) or cryoprotectant in the center and PBS in the lateral columns (E2, P2). Straws were cooled at 0.5§C/min to -25 or -30§C and plunged into liquid nitrogen. Straws were thawed in water at 22§C for 20 seconds. Cryoprotectant was diluted in 3 steps for group G1 and in one step for groups E1 and P1 (direct transfer to PBS + 10 por cento FCS) and E2 and P2 (shaken to mix the 3 columns before transferring to PBS+ 10 por cento FCS). Plunging temperature had no significant effect on the proportion of morulae developed to blastocysts in vitro; this proportion was higher (p < 0.0001) in E1 (69.2 por cento) than in E2 (60.3 por cento), G1 (51.9 por cento) and combined for P1 and P2 (46.9 por cento). In second experiment, the proportion of transferred morulae that developed to viable fetuses was lower (p < 0.07) for E1-25 than for E1-30, G1-30, E2-25 or unfrozen (control) embryos (8.7, 20.0, 20.0, 17.4 and 19.8 por cento, respectively). In conclusion, the ethylene glycol diluted directly in PBS (E1) exhibit the highest rate of in vitro embryos development, but based on in vivo embryos development was more efficacious in plunging temperature at -30§C (E1-30)

Cryopresevation of mouse morulae in glycerol, sucrose and honeybee royal jelly

Compacted mouse morulae were frozen at 0.3§C/min. or 0.5§C/min. from -6§C to -24§C or -32§C in 10 por cento of glycerol plus different sucrose concentrations with or without 0.1 por cento of honeybee royal jelly. Embryos were thawed in water bath at 22§C for 20 seconds and cryoprotectant dilution was done in three steps. Embryos were cultured in Whitten's medium for 24, 48 and 72 hours at 37§C, 5 por cento of CO2 and 100por cento of humidity. The in vitro development ranged from 56.6 por cento to 100 por cento after 72 hours. Expanded blastocysts were transferred to pseudopregnant recipients on the third day of the estrous cycle. Viable fetuses rates for embryos frozen to -24 or -32§C at 0.3§C/minute in 10 por cento glycerol + 10 por cento sucrose, 10 por cento glycerol + 10 por cento sucrose + 0.1 por cento honeybee royal jelly, 10 por cento glycerol + 0.1 por cento honeybee royal jelly or 10 por cento glycerol were respectively: 28.1 por cento and 13.6 por cento, 48.7 por cento and 31.9 por cento, 28.6 por cento and 13.2 por cento, 20.0 por cento and 42.4 por cento. Viable fetuses for embryos frozen to -24§C or -32§C at 0.5§C/minute in 10 por cento glycerol + 10 por cento sucrose or 10 por cento glycerol + 10 por cento sucrose + 0.1 por cento honeybee royal jelly were respectively 29.0 por cento and 15.3 por cento, 48.8 por cento and 32.0 por cento. We can conclude that addition of 10 por cento sucrose to 10 por cento glycerol was efficient for embryo freezing at 0.3 or 0.5§C/minute and plunged in liquid nitrogen at -24§C. The honeybee royal jelly addition provided higher viable fetuses rates when embryos were cooled at 0.3 or 0.5§C/minute and plunged in liquid nitrogen at -24§C

Cross-reactions between Toxocara canis and Ascaris suum in the diagnosis of visceral larva migrans by western blotting technique

A Larva Migrans Visceral (LMV), uma zoonose emergente, é uma sindrome clínica decorrente da infecçäo humana por larvas de Toxocara spp, parasita intestinal de cäes e gatos. A dificuldade de detecçäo das larvas nos tecidos e a inespecificidade dos sinais clinicos tornam os testes sorológicos os meios diagnosticos mais adequados. Os antigenos excretores-secretores de T. canis (TES) empregados no teste ELISA embora tenham contribuido para melhorar a especificidade deste, apresentam reaçöes cruzadas com diversos parasitas, particularmente com Ascaris sp. No Brasil o diagnóstico e rotineiramente feito após a absorçäo das amostras de soro com antigenos de A. suum, nematoide antigenicamente relacionado a A. lumbricoides o qual e comumente observado em criancas...